Программное обеспечение для статистической обработки медицинских исследований
Одним из обязательных этапов любого научного исследования является статистический анализ данных. Продолжительное время анализ медицинских данных был уделом специалистов, так как это требовало серьезной предварительной подготовки. С появлением и совершенствованием современных программ обработки данных статистическая обработка поднялась на новый уровень. Теперь исследователь-медик может и не иметь математической подготовки. Достаточно оперировать статистическими понятиями и, самое главное, правильно выбрать метод анализа. Все осуществимо благодаря компьютеру и новейшим программам.
Все программы статистической обработки данных можно разделить на профессиональные, полупрофессиональные (популярные) и специализированные. Статистические программы относятся к наукоемкому программному обеспечению, цена их часто недоступна индивидуальному пользователю. Профессиональные пакеты имеют большое количество методов анализа, популярные пакеты - количество функций, достаточное для универсального применения. Специализированные же пакеты ориентированы на какую-либо узкую область анализа данных. Создатели программных статистических пакетов заявляют, что их продукт превосходит аналоги. Отсутствие у большинства исследователей времени для освоения нескольких программ, делает непростым ее выбор.
MS Excel
Самой часто упоминаемой (и используемой) в отечественных статьях является приложение MS Excel из пакета офисных программ компании Microsoft MS Office. Причины этого кроются в широком распространении этого программного обеспечения, наличии русскоязычной версии, тесной интеграцией с MS Word и PowerPoint.
Однако, MS Excel - это электронная таблица с достаточно мощными математическими возможностями, где некоторые статистические функции являются просто дополнительными встроенными формулами. Расчеты сделанные при ее помощи не признаются авторитетными биомедицинскими журналами. Также в MS Excel невозможно построить качественные научные графики. Безусловно, MS Excel хорошо подходит для накопления данных, промежуточного преобразования, предварительных статистических прикидок, для построения некоторых видов диаграмм. Однако окончательный статистический анализ необходимо делать в программах, которые специально созданы для этих целей. Существует макрос-дополнение XLSTAT-Pro http://www.xlstat.com для MS Excel который, включает в себя более 50 статистических функций, включая анализ выживаемости, которых в основных случаях достаточно для обычного применения. Пробную версию макроса можно взять на сайте производителя.
STADIA
Программа отечественной разработки с 16-и летней историей. Включает в себя все необходимые статистические функции. Она прекрасно справляется со своей задачей - статистическим анализом. Но. Программа внешне фактически не изменяется с 1996 года. Графики и диаграммы, построенные при помощи STADIA, выглядят в современных презентациях архаично. Цветовая гамма программы (красный шрифт на зеленом) очень утомляет в работе. К положительным качествам программы можно отнести русскоязычный интерфейс и наличие книг описывающих работу. Например: Кулаичев А.П. Методы и средства анализа данных в среде Windows. - М: ИнКо, 2002. - 341 с. Со страницы http://www.protein.bio.msu.su/~akula/index.htm можно взять демо-версию STADIA.
SPSS (Statistical Package for Social Science)
Самый часто используемый пакет статистической обработки данных с более чем 30-и летней историей http://www.spss.com Отличается гибкостью, мощностью применим для всех видов статистических расчетов применяемых в биомедицине. Недавно вышла 13-я англоязычная версия. Существует русскоязычное представительство компании http://www.spss.ru которое предлагает полностью русифицированную версию SPSS 12.0.2 для Windows. Появился учебник на русском языке, позволяющий шаг за шагом освоить возможности SPSS, репетитор по статистике на русском языке, помогающий в выборе нужной статистической или графической процедуры для конкретных данных и задач, а также справка по SPSS Base и SPSS Tables.
Российский офис SPSS регулярно проводит учебные курсы по анализу данных при помощи программного обеспечения SPSS. На русский язык переведена книга по SPSS, которая вышла в свет в 2002 году в Киевском издательстве Диасофт под названием SPSS 10: искусство обработки информации. Анализ статистических данных и восстановление скрытых закономерностей.
STATA
Профессиональный статистический программный пакет с data-management system, который может применятся для биомедицинских целей. Один из самых популярных в образовательных и научных учреждениях США наряду с SPSS. Официальный сайт http://www.stata.com Программа хорошо документирована, издается специальный журнал для пользователей системы. Однако возможности предварительного ознакомления с демо-версией нет.
STATISTICA
Производителем программы является фирма StatSoft Inc. (США) http://www.statsoft.com которая выпускает статистические приложения, начиная с 1985 года. STATISTICA включает большое количество методов статистического анализа (более 250 встроенных функций) объединенных следующими специализированными статистическими модулями: Основные статистики и таблицы, Непараметрическая статистика, Дисперсионный анализ, Множественная регрессия, Нелинейное оценивание, Анализ временных рядов и прогнозирование, Кластерный анализ, Факторный анализ, Дискриминантный функциональный анализ, Анализ длительностей жизни, Каноническая корреляция, Многомерное шкалирование, Моделирование структурными уравнениями и др. Несложный в освоении этот статистический пакет может быть рекомендован для биомедицинских исследований любой сложности.
Российское представительство компании (http://www.statsoft.ru/) предлагает полностью русифицированную версию программы. Сайт компании содержит много информации по статистической обработке медицинских данных, учебник по статистике на русском языке. Сам пакет STATISTICA описан в нескольких книгах, одна из которых, для медицинских работников: О.Ю. Реброва Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTICA. Москва, МедиаСфера, 2002. 312 с. Ознакомиться с содержанием книги можно по адресу: http://mediasphera.aha.ru/book/rebr_sod.htm
JMR
Один из мировых лидеров в анализе данных. Развивает этот статистический пакет SAS Institute http://www.jmp.com который выкупил в конце 2002 года известную статистическую программу StatView. Однако особых преимуществ для медико-биологической статистики этот программный продукт не имеет.
SYSTAT
Статистическая система для персональных компьютеров http://systat.com Последняя версия обладает неплохим интуитивно понятным интерфейсом. Компания Systat Software также разрабатывает популярные у отечественных исследователей SigmaStat и SigmaPlot, которые являются соответственно, программой статистической обработки и программой построения диаграмм. При совместной работе становятся единым пакетом для статистической обработки и визуализации данных.
NCSS
Программа развивается с 1981 года и рассчитана на непрофессионалов в области статистической обработки. Интерфейс системы многооконный и как следствие этого явления - немного непривычный в использовании. Все действия пользователя сопровождаются подсказками. С сайта http://www.ncss.com можно переписать полнофункциональную пробную версию работающую 30 дней.
MINITAB
Статистический пакет MINITAB. С сайта производителя http://www.minitab.com можно взять полнофункциональный пробный вариант программы, которая работает 30 дней. Это достаточно удобный в работе программный пакет, имеющий хороший интерфейс пользователя, хорошие возможности по визуализации результатов работы. Имеет подробную справку.
STATGRAPHICS PLUS
Довольно мощная статистическая программа. Содержит более 250 статистических функций, генерирует понятные, настраиваемые отчеты. Последнюю доступную версию можно получить на сайте http://www.statgraphics.com Есть возможность скачать демо-версию. Следует отметить, что ранние версии этой программы были весьма популярны у отечественных исследователей.
PRISM
Эта программа создавалась специально для биомедицинских целей. Интуитивно понятный интерфейс позволяет в считанные минуты проанализировать данные и построить качественные графики. Программа содержит основные часто применяемые статистические функции, которых в большинстве исследований будет достаточно. Однако, как отмечают сами разработчики, программа не может полностью заменить серьезных статистических пакетов. На сайте http://www.graphpad.com помимо возможности ознакомления с демо-версией Prism можно получить справочник в формате PDF по биомедицинской статистике.
Дополнительная информация. В настоящее время в Интернет доступны многие ресурсы, посвященные статистической обработке данных. Один из них - это статистический портал, созданный при содействии В. П. Боровикова, автора книг по программному пакету STATISTICA http://www.statsoft.ru/home/portal Российское представительство StatSoft Inc. предлагает на своем сайте бесплатный электронный учебник по статистике, который призван помочь разобраться с основными понятиями статистики и более полно представить диапазон применения статистических методов http://www.statsoft.ru/home/download/textbook/default.htm На этом же сайте существует Статистический медицинский советник, который поможет правильно выбрать нужный статистический метод http://www.statsoft.ru/home/portal/applications/medicine/medadvisor.htm
Из ресурсов Интернет заслуживает внимания сайт с пятилетней историей Биометрика http://www.biometrica.tomsk.ru
Из книг заслуживает внимания Primer of Biostatistics, S.A.Glantz, 4-е издание. Она была переведена на русский язык издательским домом Практика под названием Медико-биологическая статистика. В книге содержатся объяснения статистических методов на примерах, применяемых в биомедицине. При этом она не содержит тяжелых выкладок формул. Автор - С.Гланц, перевод с английского под ред. Н. Е. Бузикашвили и Д. В. Самойлова. В издательстве РУДН в 2002 году вышла книга Лукьяновой Е.А., адаптированная для нетехнической аудитории под названием Медицинская статистика. Могут быть полезны и другие книги: Боровиков В. Statistica. Искусство анализа данных на компьютере. Для профессионалов. 2-е изд. Изд-во Питер, 2003, 688 стр.; Лапач С.Н. и др. Статистические методы в медико-биологических исследованиях с использованием Excel. Издательство Морион Лтд, 2000, 320 стр.
На какой программе остановить свой выбор? Безусловно, дороговизна программ не позволяет их менять. Поэтому имеет смысл посмотреть демо-версии, разобраться с работой и потом делать окончательный вывод. Русскоязычные версии (с документацией) имеют только SPSS и STATISTICA.
Что касается возможных рекомендаций, то они следующие:
- Если нужен мощный, общепризнанный пакет с простым и понятным даже начинающим пользователям интерфейсом, то лучше воспользоваться SPSS.
- Для начинающих и профессионалов, которым нужна подсказка и развитая документация на русском языке, можно рекомендовать STATISTICA. Это мощное приложение с профессиональными возможностями.
- Для непритязательных пользователей, которые ограничиваются в своих исследованиях стандартными статистическими методами можно рекомендовать англоязычную программу Prism.
Авторы статьи: В.А. Герасевич, А.Р. Аветисов,
Источник: http://bmn.medstalker.com (временно не работает)
- ← предыдущая
- Рекомендации донору
- Open Source: Общественное здравоохранение и биомониторинг (часть1)
- следующая →