Грибковые заболевания могут быть классифицированы также согласно локализации поражения. На этой основе выделяют дерматомикозы и системные микозы, при которых поражаются внутренние органы. За последние десятилетия количество системных микозов значительно возросло. Этот рост наблюдается примерно с того времени, как безудержно применяются антибиотики и стероиды. Ряд авторов именно с этим связывает широкое распространение микозов. Многие экспериментальные данные показывают, что во время длительной антибиотиковой терапии состав кишечной флоры изменяется: место погибших бактерий занимают грибки. Согласно другой теории, вследствие тормозящего влияния антибиотиков на кишечные бактерии снижается производство витаминов, а это, в свою очередь, усиливает подверженность организма грибковому заражению.
Характерной особенностью грибковых заболеваний является их длительное течение, которое при отсутствии соответствующего лечения через несколько месяцев, в отдельных случаях — лет, приводит к смерти. После инфицирования тканевая реакция слабо выражена, при системном микозе патологическое изменение носит характер грануломатоза, при котором имеет место как некроз, так и образование гноя. Часто образуются язвы, свищи, характерным является увеличение количества соединительной ткани. При медленно заживающих свищах, долгое время не заживающих абсцессах, необычных инфильтратах следует думать о возможности грибковой инфекции. Условие успешного лечения — выявление грибков при помощи гистологического анализа и посева.
Для полного излечения хирургическое лечение следует комбинировать с лечением препаратами йода или хемотерапией (амфотерицин В). Хирургическое лечение ограничивается вскрытием абсцессов и свищей, а также устранением отграниченных очаговых процессов (например, резекция легких).